Die Struktur der Verwaltung der Kirche ist presbyterial-synodal. Die Basis ist die lokale Kirchengemeinde, die von einer Gruppe Kirchenältester verwaltet wird. Ihre Repräsentanten sind der Pfarrer (die Pfarrerin) und der Kurator (die Kuratorin), ein Laie. Eine Gruppe von Gemeinden bildet ein Seniorat, dessen Repräsentanten der Senior (die Seniorin) und der Senioratskurator (die Senioratskuratorin) als Laie sind. Das höchste Entscheidungsgremium ist die Synode. Sie besteht aus etwa 80 Mitgliedern und tritt regelmäßig einmal pro Jahr zusammen. Das Gremium, das die Kirche leitet, ist der 6-köpfige Synodalrat – bestehend aus drei Geistlichen und drei Laien. Höchste Repräsentanten der Kirche sind der Synodalsenior (oder Seniorin) und die Synodalkuratorin (oder Kurator).
In der zentralen Kirchenkanzlei verteilt sich die Arbeit auf fünf Referate.