Finanční prostředky pro práci a službu získává ČCE především z dobrovolných příspěvků svých členů. Jsou to příspěvky členů farních sborů, dary, sbírky při shromážděních, celocírkevní sbírky vyhlašované synodem, mimořádné dary tuzemské i zahraniční, částečně také výnosy z pronájmu budov.

Kromě finanční obětavosti členů jsou zdrojem příjmů příspěvky ze státního rozpočtu České republiky na platy kazatelů a v malé míře na platy ostatních zaměstnanců, provoz ústřední církevní kanceláře, rekonstrukci budov a celocírkevní akce (30 %).

V roce 2008 činily náklady ústředí ČCE celkem 128 201 000 Kč a výnosy 121 901 000 Kč. V těchto částkách jsou zahrnuty náklady i výnosy aktivit, které ústředí zastřešuje (vydávání časopisů, knih, akce pro děti, mládež, postižené, kurzy pro kazatele, laiky, veškerá práce poradních odborů, cestovné v církvi atp.) a náklady a výnosy samotné ÚCK.

Největší podíl na výnosech i nákladech jsou mzdové prostředky určené na výplatu kazatelům, které jsou z 80 % pokryty dotací MK ČR.